Будет ли показываться реклама, если мой сайт недоступен?

Нет, реклама показываться не будет и не будут списываться деньги с баланса.

Благодаря интеграции Яндекс.Метрики и Google Analytics в код вашего сайта, Google Adwords и Яндекс.Директ постоянно отслеживают статус вашего сайта и приостанавливают кампанию в том случае, если сайт по каким-либо причинам недоступен.